9时整，火箭尾部发出巨大的轰鸣声，几百吨高能燃料开始燃烧，八台发动机同时喷出炽热的火焰，高温高速的气体，几秒钟就把发射台下的上千吨水化为蒸气。火箭和飞船总重达到487吨，当推力让这个庞然大物升起时。大漠颤抖，天空轰鸣。
火箭起飞了。我全身用力，肌肉紧张，整个人收得像一块铁。因为很快就有动作要做，所以全神贯注，眼睛一动不动地看着仪表板，手里边拿着操作盒。开始时飞船非常平稳。缓慢地、徐徐升起，甚至比电梯还平稳。我心想：这很平常啊。也没多大劲啊！后来我知道。飞船的起飞是一个逐渐加速的过程，各种负荷是逐步加大的，要提前做好准备。但当时，没有人有过坐火箭的真实经验，并不清楚会有这样的变化。我一看情况远不像训练中想象的压力那么大，心里稍有释然。全身紧绷的肌肉渐渐放松下来。
火箭逐步地加速，我感到了有压力在渐渐增加。因为这种负荷我们训练时承受过，曲线变化甚至比训练时还小些，我的身体感受还挺好，觉得没啥问题。但就在这个时候，火箭上升到三四十公里的高度时，火箭和飞船开始急剧抖动。产生了共振。这让我感到非常痛苦。
RT对10赫兹以下的低频振动非常敏感。它会让人的内脏产生共振。而这时不单单是低频振动的问题，是这个新的振动叠加在大约6G的一个负荷上。这种叠加太可怕了。我们从来没有进行过这种训练。意外出现了。
共振是以曲线形式变化的。痛苦的感觉越来越强烈，五脏六腑似乎都要碎了。我几乎难以承受。心里就觉得自己快不行了，要承受不住了。
当时，我的脑子还是非常清醒的，以为飞船起飞时就是这样的。其实，起飞阶段发生的共振并非正常现象，不应当有这种情况出现。共振持续了26秒后，慢慢减轻。当从那种难受的状态解脱出来之后，一切不适都不见了，我感觉到从没有过的轻松和舒服，如释千钧重负，如同一次重生，我甚至觉得这个过程很耐人寻味。但在痛苦的极点，就在刚才短短一刹那，我真的以为自己要牺牲了。
飞行回来后我详细描述了这个难受的过程。经过研究，我们的工作人员了解到，飞船的共振主要来自火箭的振动。之后改进了技术工艺。解决了这个问题。在神舟六号飞行时，得到了很好的改善。在神七飞行中再没出现过这种情况。聂海胜说：我们乘坐的火箭、飞船都非常舒适，几乎感觉不到振动。
飞船此后的飞行非常顺利。在将近10分钟时，飞船仿佛一下子跳进了轨道。我突然有了失重的感觉。失重的确是突然来到的。因为一直有火箭推着飞船。一直在加速，加速就有过载，有相对重力作用。近10分钟时，最后一级火箭跟飞船分离。突然一分离，飞船没有推力了，身体感觉猛地往上一提，我意识到已经处在微重力环境了。
这时，我被束缚带固定在坐椅上，人肯定飘不起来，但是我突然感觉离开了坐椅，不贴着它了。我注意到飞船里的灰尘噗的一下，全起来了。
我低头往下看，只见所有的束缚带，在飞船里用来固定物体的绳子，全都竖了起来，微微摇动，挺有韵律感，特别好看。就像湖水中的水草一样。在水中蓬勃生长，舞动着生命的活力。我明确地知道。自己已经真正进入茫茫太空了！入轨之后两分钟。飞船按指令调整姿势，我的工作是操作太阳能帆板，让它像两只翅膀一样展开。之后我按程序向地面报告：飞船工作正常！我的身体感觉良好。