统一台湾，也是康熙皇帝惦念的一件事。郑成功在收复台湾以后不久，就生病去逝了。他的儿子郑经、孙子郑克爽先后割据着台注，康熙皇帝力排众议，决心统一台湾。在康熙皇帝二十二年（公元一六八三年），清朝将领施琅率军攻占了台湾。从此，清朝政府对台湾实行了有效的行政管理。这件事对维护国家统一和反对外国侵略有着重要意义。
台湾土地肥沃，物产丰饶，对福建、广东沿海缺少土地的农民很有吸引力。很多人渡海到台湾岛去谋生。清朝政府总觉得台湾和大陆之间隔着大海，担心台湾岛上百姓一旦造反，不好收拾。于是颁布禁令说，若发现偷渡者，一律打五十大板，再押送回原籍。但是，无论官府怎样三令五申，也无济于事，人们这次渡海不成，下次再来，照样成群结伙地拥向台湾。
可是，台湾的官僚地主们霸占了大片田地，向农民征收高额地租，官府的赋税也层层加码。加上政治上的严密控制，人民的生活很痛苦，人身自由也受到威胁，不满情绪越来越高。
康熙皇帝六十年（公元一七二一年），台湾发生了海啸和地震。百姓们以为是天神发怒，就合伙凑钱请戏班来唱戏谢神。台湾知府王珍认为这是个发财的好机会。他污蔑百姓私自结盟，图谋不轨。一下子就把四十多人关进了监狱。几天之后，王珍又借口有人违犯官府禁令进入深山偷砍竹子，把二百多贫苦百姓投入监牢。对于能出钱贿赂他的，立即翻译；拿不出钱的，打四十大板，押送过海，撵回原籍。台湾的百姓提起王珍，没有恨得不咬牙的。很多地方都爆发了反抗官府的起义。鸭姆皇帝朱一贵就是当时最著名的起义领袖。
朱一贵是福建漳州人，迁居台湾以后，先在官府当差役，不久又到罗汉门这个地方做起养鸭子的营生。后来，他成了一个养鸭能手。那些呷呷乱叫的鸭子，每天早晨和晚上，在他的指挥下居然排着队出入。当地老百姓见了，不禁暗暗称奇。朱一贵性格豪爽，喜欢结交各路朋友，有佩带宝剑的壮士，也有五大三粗的和尚。只要朋友们一来，朱一贵就宰鸭煮酒，同大家一起开怀痛饮，每到夜深人静的时候，人们还常常听到朱一贵家里传出他和朋友们为明朝灭亡而擂-顿足的痛哭声。
其实朱一贵已经和他的那些好朋友商议起义的事了。朱一贵说：我姓朱，如果说我是明朝皇室后裔，支持咱们的人一定会更多。大伙都觉得朱一贵说得有理，一致表示说：老朱年纪大，是大哥，我们都愿意打您的旗号。事后，大家就都去分头准备。
朱一贵有一个盟兄弟是和尚。他奉命到台湾城内活动，每天敲着木鱼，走街串巷，暗中宣传说，四月份将有大难，大难降临的时候，只要在门口放一张香案，香案上插一面写着帝令的小旗，就会太平无事了。人们听了都暗暗记在心里。
这一年四月十九日，朱一贵自称明朝后裔大元帅朱，宣布起义，罗汉门周围百姓听说是朱一贵带头举事，都来参加，很快就聚集起了一万多人。他们兴奋得像过节一样，宰牛煮酒，削竹为-，整整忙了一夜。
第二天拂晓，起义队队伍举着激变良民，大明重兴，大元帅朱的大旗，兴冲冲地出发了。他们首先包围了离台湾城仅三十里的岗山清营，清军还没明白发生了什么事，一见来了这么多人马，吓得四散逃命去了。起义军毫不费力便打了胜仗。
官府得到报告，连忙派游击将军周应龙围剿起义军。周应龙是个能说会道的大胖子，一向靠逢迎拍马来讨好长官，打起仗来却没什么本事。这一次他奉命出战，不敢不去，只好硬着头皮强装好汉。率领清军开出台湾城。可这个胆小鬼第一天只走了五里路，就停下来休息，第二天，也不过走了十五里，又停了下来。夜里，起义军偷袭和周应龙仅隔一条小溪的另一部分清军。周应龙只是隔着小溪观战，却不敢救援，眼睁睁地看着起义军SHA死清军守将，缴获大批军械，还不敢发一兵一卒。
周应龙见到起义军就像老鼠见到猫，对老百姓却又是另一副凶神恶煞般的面孔，烧SHA抢掠，无恶不作，弄得驻地附近从早到晚鸡犬不宁，这样，百姓们更拥护起义军了。
朱一贵的队伍就像滚雪球似的，几天功夫就发展到十万人，他们一鼓作气攻下台湾城，台湾的文武官员，包括台厦道梁文宣、台湾知府王珍，都搭船逃往澎湖去了。台湾城的老百姓排列起香案迎接起义军。
起义军进城后，拥戴朱一贵为大明中兴王，还发表檄文宣告中外：要横渡大海，会师北伐，饮马长城，重兴明朝。朱一贵出身平民，深知官兵骚扰给百姓带来的危害。他严纪律，不准士兵抢掠，因此起义军深受百姓爱戴。因为朱一贵曾经养过鸭子，所以很多人都亲昵地称他为鸭姆皇帝。
农民军及时扩大战果，很快就控制了台湾大部分地区。可惜这时候，起义军内部发生了分裂，力量削弱了，也给清军造成了可乘之机。福建提督施世骠（施琅的儿子）率领一万清兵，渡海打进鹿耳门，不久又攻下台注城，占领了台湾府。在慌乱中，朱一贵被手下--细出卖，献给了清军。
朱一贵被捆绑着押送到清军兵营。他岸然直立，不肯下跪，一个官员狠狠地说：看你跪不跪！说罢命人打断了朱一贵的腿。朱一贵站不住，就趴在地上，强忍疼痛，对被捕的手下将领说：大丈夫要为忠义而死！不久之后，朱一贵和众将被押到北京。他们仍不屈服，都壮烈牺牲了。
朱一贵牺牲以后，台湾人民的反抗斗争并没有停止。一些幸免于难的起义将士潜伏在荒野岭，秘密活动着。后来，台湾又先后爆发了吴福生起义、黄教起义、尤其是规模浩大的林爽文起义，这些起义虽然都失败了，但是沉重打击了清朝的统治。